O Parque Nacional de Superagüi foi criado em 1989 com uma área inicial de cerca de 21.400 ha. Em 1999 ocorreu outra demarcação e a área aumentou para cerca de 34.000 ha, o que incluia a Ilha de Superagui, a Ilha das Peças, a Ilha de Pinheiro e a Ilha do Pinheirinho. Foram incluídos ainda o vale do Rio dos Patos, no continente, e o Canal do Varadouro, que separa a Ilha do Superagüi das terras continentais.
O Parque Nacional faz parte do complexo estuário de Paranaguá, Cananéia e Iguape. Em 1991, o parque foi declarado Reserva da Biosfera pela Unesco, já que sob ponto de vista de suplemento alimentar é uma das áreas mais importantes do país. Mais recentemente, em dezembro de 1999, o parque foi também declarado Patrimônio Natural da Humanidade, também pela UNESCO. Abriga baías, praias desertas, restingas, manguezais e abundantes formações de Floresta Atlântica. Várias espécies animais, algumas delas raras ou ameaçadas de extinção, como o papagaio-chauá e o papagaio-da-cara-roxa , o mico-leão-da-cara-preta e o jacaré-de-papo-amarelo, vivem dentro dos seus limites.
Na área foram encontrados muitos sambaquis que são provas que houve pescadores muito antigos, depois a região foi habitada por índios carijós e tupiniquins, depois vieram os portugueses.
Em 1852 Perret Gentil, cônsul suíço no Rio de Janeiro, fundou na Ilha de Superagüi uma das primeiras colônias européias no estado do Paraná, no início foram instaladas 15 famílias.
Um dos colonos que mais se destacou, foi o suíço William Michaud que foi pintor e professor e fez vários desenhos e pinturas sobre as paisagens e costumes da ilha.
